A park 1912-től  a jezsuita Pius gimnázium kertje volt. Botanikus kertté való fejlesztése 1952-ben kezdődött el az akkori Pedagógiai Főiskola Biológia Tanszékének megalapítását követően.
Szakmailag jelenleg a PTE TTK Ökológiai és Növénybiológiai Tanszékekhez, gazdaságilag pedig a Kancellária Üzemeltetési és Beszerzési Igazgatósághoz tartozik.
A területet 1989-ben nyilvánították helyi jelentőségű természetvédelmi területté.

A 6,85 hektáros kert gyűjteményeiben jelenleg több, mint 5000 féle növény található, ebből a szabadföldi gyűjteményekben kb. 2200, az üvegházakban kb. 2800. Az előforduló védett, vagy fokozottan védett fajok száma: 350. A kertben megfigyelt 66 állatfajból 60 védett.

2011-ben és 2015-ben két KEOP pályázat keretében közel 400 millió forintból újult meg a kert.